一、本質不同
蒸餾水是用蒸餾方式製成的純水；而去離子水是除去了呈離子形式雜質後的純水。
二、形成方式不同
去離子水是通過離子交換樹脂除去水中的離子態雜質而得到的近乎於純凈的水。蒸餾水是把源水煮沸後另其蒸發冷凝回收，這個過程會耗費大量熱能。
三、作用不同
蒸餾水不導電，可以保證機器運行穩定從而延長電器壽命。去離子水多是化學實驗室用水，以供一般實驗室的常規試驗。
四、用途不同
蒸餾水多用於生活、醫葯行業和實驗室;而去離子水多用於實驗室、電子工業生產和石油化工行業。去離子水在現代工業中有著非常廣泛的用，途由於去離子水中的離子數可以被人為的控制，從而使它的電阻率、溶解度、腐蝕性、病毒細菌等指標得到良好的控制。所以在工業生產和實驗室的實驗中，使用去離子水回事參數結果更接近理想數據，產品質量也更容易控制。