水產養殖廢水處理方法主要有物理處理法、化學處理法、物理化學處理法、生物處理法。
1物理處理法
1）過濾法
由於養殖廢水中的剩餘殘餌和養殖生物排泄物等大部分以懸浮態大顆粒形式存在，因此採用物理過濾法去除是最為快捷、經濟的方法。常用的過濾設備有機械過濾器、壓力過濾器、沙濾器等。在實際處理工程中，機械過濾器(微濾機)是應用較多、過濾效果較好的方式。沸石過濾器兼有過濾與吸附功能，不僅可以去除懸浮物，同時又可以通過吸附作用有效去除重金屬、氨氮等溶解態污染物。
12）泡沫分離法
泡沫分離根據表面吸附的原理，利用通氣鼓泡在液相中形成的氣泡為載體對液相中的溶質或顆粒進行分離，因此又稱泡沫吸附分離。其原理是向被處理水體中通入空氣，使水中的表面活性物質被微小氣泡吸著，並隨氣泡一起上浮到水面形成泡沫，然後分離水面泡沫，從而達到去除廢水中溶解態和懸浮態污染物的目的。由於泡沫分離技術不僅可以將蛋白質等有機物在未被礦化成氨化物和其他有毒物質前就已被去除，避免了有毒物質在水體中積累，而且可向養殖水體提供所必需的溶解氧，對維護養殖水體生態環境有良好作用。
泡沫分離是根據吸附的原理，向含表面活性物質的液體中鼓泡，使液體內的表面活性物質聚集在氣液界面（氣泡的表面）上，在液體主體上方形成泡沫層，將泡沫層和液相主體分開，就可以達到濃縮表面活性物質（在泡沫層）和凈化液相主體的目的。被濃縮的物質可以是表面活性物質，也可以是能與表面活性物質相絡合的物質，但它們必須具備和某一類型的表面活性物質能夠絡合或鰲合的能力。
2化學處理法
1）臭氧處理法
海水工廠化養殖廢水存在養殖生物排泄物等懸浮物，以及氨氮、可生物降解有機物等物質，而且也存在難生物降解有機物。因此，利用臭氧、過氧化氫、二氧化氯、漂白液等化學氧化劑的氧化作用，氧化分解難生物降解溶解態有機物是養殖廢水深度處理的主要手段。因此採用O3/UV工藝，既能提高處理效率又可減少臭氧的用量。用O3/UV技術凈化湖水可達到水質凈化及水體增氧的目的。
臭氧的凈化原理在於它在水中的氧化還原電位為2.07 V，高於氯(1.36 V)和二氧化氯(1.5 V)。它能夠破壞和分解細胞的細胞壁(膜)，迅速擴散滲入細胞內，從而殺死病原菌。臭氧在水中分解的中間物質羥基自由基(•OH)，具有很強的氧化性，可以分解一般氧化劑難分解的有機物。因此，用臭氧處理廢水，既能夠迅速滅除細菌、病毒和氨等有害物質，又能增加水中溶解氧，從而達到凈化養殖廢水的目的。
2）電化學法
電化學是研究電和化學反應相互關系的科學。電和化學反應相互作用可通過電池來完成，也可利用高壓靜電放電來實現，二者統稱電化學，後者為電化學的一個分支，稱放電化學。在水產養殖廢水的處理中，用電化學法去除水中溶解的亞硝酸鹽和氨氮的研究結果表明,亞硝酸鹽完全去除的時間和能耗隨著傳導率的增加而降低,輸入電流最大為2A時,耗能最少,pH相對於輸入電流和電導率來說幾乎沒有影響；在酸性條件下有利於亞硝酸鹽的去除,鹼性條件有利於氨的去除,氨的去除速度低於亞硝酸鹽的去除速度。
3生物處理法
1）活性污泥法
活性污泥法是以活性污泥為主體的廢水生物處理的主要方法。活性污泥法是向廢水中連續通入空氣，經一定時間後因好氧性微生物繁殖而形成的污泥狀絮凝物。其上棲息著以菌膠團為主的微生物群，具有很強的吸附與氧化有機物的能力。
典型的活性污泥法是由曝氣池、沉澱池、污泥迴流系統和剩餘污泥排除系統組成。
污水和迴流的活性污泥一起進入曝氣池形成混合液。從空氣壓縮機站送來的壓縮空氣，通過鋪設在曝氣池底部的空氣擴散裝置，以細小氣泡的形式進入污水中，目的是增加污水中的溶解氧含量，還使混合液處於劇烈攪動的狀態，形懸浮狀態。溶解氧、活性污泥與污水互相混合、充分接觸，使活性污泥反應得以正常進行。
第一階段，污水中的有機污染物被活性污泥顆粒吸附在菌膠團的表面上，這是由於其巨大的比表面積和多糖類黏性物質。同時一些大分子有機物在細菌胞外酶作用下分解為小分子有機物。
第二階段，微生物在氧氣充足的條件下，吸收這些有機物，並氧化分解，形成二氧化碳和水，一部分供給自身的增殖繁衍。活性污泥反應進行的結果，污水中有機污染物得到降解而去除，活性污泥本身得以繁衍增長，污水則得以凈化處理。
經過活性污泥凈化作用後的混合液進入二次沉澱池，混合液中懸浮的活性污泥和其他固體物質在這里沉澱下來與水分離，澄清後的污水作為處理水排出系統。經過沉澱濃縮的污泥從沉澱池底部排出，其中大部分作為接種污泥迴流至曝氣池，以保證曝氣池內的懸浮固體濃度和微生物濃度；增殖的微生物從系統中排出，稱為「剩餘污泥」。事實上，污染物很大程度上從污水中轉移到了這些剩餘污泥中。
2）生物膜法
生物膜法是與活性污泥法並列的一類廢水好氧生物處理技術，是一種固定膜法，是土壤自凈過程的人工化和強化；主要去除廢水中溶解性的和膠體狀的有機污染物。具體參見http://www.dowater.com更多相關技術文檔。
生物膜法是利用附著生長於某些固體物表面的微生物（即生物膜）進行有機污水處理的方法。生物膜是由高度密集的好氧菌、厭氧菌、兼性菌、真菌、原生動物以及藻類等組成的生態系統，其附著的固體介質稱為濾料或載體。生物膜自濾料向外可分為慶氣層、好氣層、附著水層、運動水層。生物膜法的原理是，生物膜首先吸附附著水層有機物，由好氣層的好氣菌將其分解，再進入厭氣層進行厭氣分解，流動水層則將老化的生物膜沖掉以生長新的生物膜，如此往復以達到凈化污水的目的。生物膜法具有以下特點：（1）對水量、水質、水溫變動適應性強；（2）處理效果好並具良好硝化功能；（3）污泥量小（約為活性污泥法的3／4）且易於固液分離；（4）動力費用省。